讲座回顾

讲座1：“SuperSCC: single cell hierarchical clustering reveals cross-tissue conserved gene modules”

主讲人简介

唐峰，广州国家实验室博士后，合作导师田鲁亦研究员。博士毕业于澳大利亚阿德莱德大学生物医学专业，专注于单细胞RNA测序与空间转录组学的数据分析与算法开发。主要从事创新算法设计与生物医学应用，致力于揭示复杂疾病的分子机制，为疾病机制解析和精准医学提供技术支持。目前以第一作者发表SCI论著5篇。

主要内容

唐峰博士系统阐述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的前沿挑战及其在细胞状态动态变化分析中的创新性研究。针对单细胞RNA测序数据分析中存在的批次效应干扰、细胞身份层级解析困难、跨数据集保守基因模块识别复杂等挑战，以及传统分析流程常忽视病理状态下细胞动态变化、难以揭示疾病演进关键细胞程序的局限，唐峰博士报告了其最新开发的SuperSCC数据分析框架：通过整合监督特征选择、图聚类和层级合并策略，实现了无需数据整合即可精准识别细胞类型与状态，并可高效发现跨队列基因模块。研究表明，在肺癌和免疫微环境等病理场景中，SuperSCC能够成功挖掘跨组织保守基因模块、精准鉴定稀有细胞状态，并有效预测免疫治疗响应；其无需数据整合的特性不仅简化了分析流程，更突破了传统方法在处理复杂数据集时的瓶颈。该框架不仅为复杂组织细胞图谱的构建提供了新思路，更揭示了疾病演进中关键细胞程序的动态变化规律，为疾病研究和精准医学发展提供了更具生物学意义的分析工具。

讲座2：“Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study”

主讲人简介

尤月，广州国家实验室博士后，合作导师田鲁亦研究员。博士毕业于澳大利亚墨尔本大学生物科学专业，研究方向为单细胞多组学算法开发及空间组学数据解析。主持国家自然科学基金博士后特别资助（站中）及面上项目各1项。以第一作者或通讯作者在 Nature Methods、Signal Transduction and Targeted Therapy、Genome Biology 等国际顶刊发表论文多篇。

主要内容

尤月博士主要介绍了空间转录组学（sST）技术标准化研究的前沿进展及其在解决技术平台差异难题中的突破性应用。针对空间转录组学领域中不同技术平台在分辨率、捕获效率和扩散特性上存在巨大差异，且缺乏统一基准这一制约方法选型与算法开发的“卡脖子”环节，尤月博士以其团队发表于《Nature Methods》的首篇系统性研究为核心，重点介绍了关键创新成果：通过构建涵盖小鼠大脑、肾脏、小肠等具有清晰组织学架构的参考组织库，在35组实验中对11种主流sST技术进行横向评测，首次将“分子扩散”量化为影响有效分辨率的核心变量。同时，其研究团队配套开发了可重现切片与渗透优化协议以及开放数据库genographix.com，成功实现了从实验设计、参数标定到计算评估的全流程标准化；其建立的统一基准不仅为低丰度稀有细胞状态的精准识别提供了可靠依据，更有效突破了跨平台数据整合的技术壁垒。该工作不仅揭示了分子扩散对空间转录组学技术性能的关键影响机制，更为空间多组学技术的后续迭代提供了“黄金标准”与一站式工具，彰显了标准化研究在推动空间转录组学从技术探索到广泛应用中的核心价值。